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ミゾツヤはアワツヤよりも上流に生息する傾向があるが、同所に生息することも少なくない。この水系では支流の上流はほぼミゾツヤが分布するが、そのことは平面図の方がわかりやすい。ミゾツヤは本流で見つかることはまれである。